WORDで論文を書いている時、部分的に文字を大きくすると行がずれます。
そういう場合は行間を固定します。
全選択して
ここをクリック（WORD2007）
行間を固定値に間隔はいろいろ試してみてください。
行間が固定されました。
ちなみにWORDでいう行間はこの部分の距離です。通常行送りといわれるものです。
きれいな文字組版では文字サイズの1.5〜2倍程度です。
1.5では文字にルビが入った時にくっついてしまいます。
2倍ではちょっと空きすぎの印象があります。なので1.6〜1.7あたりがよいと思います。
WORDのデフォルト値は狭すぎるので、論文が窮屈な印象を受けます。
ぜひこの値を編集してみてください。